国内申请注册日本商标的流程如下：
1、提交申请：向日本特许厅（JPO）或世界知识产权组织国际局提交商标申请；
2、商标审查：上述机构收到申请后，会对此进行形式审查与实质审查；
3、商标公告：审查通过后，就会进行官方公告，让公众对此进行评判；
4、核准注册：公告无异议或异议不成立的商标，就会被核准注册。

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